(1) Агенцията се ръководи и представлява от изпълнителен директор. Договорът с изпълнителния директор се сключва, изменя и прекратява от министъра на труда и социалната политика съгласувано с министър-председателя.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 2 от 2024 г., в сила от 01.01.2024 г.) В дейността си изпълнителният директор се подпомага от трима заместник изпълнителни директори.
(3) Трудовите правоотношения със заместник изпълнителните директори се сключват, изменят и прекратяват от изпълнителния директор съгласувано с министъра на труда и социалната политика.
(4) Правомощията на изпълнителния директор в негово отсъствие или когато ползва законоустановен отпуск, се изпълняват от определен със заповед за всеки конкретен случай заместник изпълнителен директор, а в случай на необходимост - от друг служител на ръководна длъжност от Агенцията, определен с писмена заповед.