Структурата на музея се определя в зависимост от тематичния му обхват и формираните фондове и включва:
- 1. специализиран отдел "Фондове и литературно наследство", който осъществява дейностите, свързани с управлението, опазването и представянето на тематично формирани колекции на българското литературно наследство; към отдела функционира сектор "Ателие за консервация, реставрация и дигитализация";
- 2. отдел "Експозиции", който включва къщи-музеи и литературни кабинети: а) къща-музей "Иван Вазов" със седалище София, ул. Иван Вазов 20; б) къща-музей "Петко и Пенчо Славейкови" със седалище София, ул. Г. С. Раковски 138; в) къща-музей "Пейо Яворов" със седалище София, ул. Г. С. Раковски 136; г) къща-музей "Никола Вапцаров" със седалище София, ул. Ангел Кънчев 37; д) къща-музей "Димитър Димов" със седалище София, ул. Кр. Сарафов 26; е) къща-музей "Христо Смирненски" със седалище София, ул. Овче поле 116; ж) къща-музей "Елин Пелин" със седалище с. Байлово, Софийска област; з) къща-музей "Емилиян Станев" със седалище Велико Търново, ул. Никола Златарски 20; и) литературен кабинет "Владимир Башев" със седалище София и адрес бул. Ситняково 79, вх. Д, ет. 5, ап. 45; й) литературен кабинет "Иван Богданов" със седалище София и адрес бул. Княз Дондуков 95, вх. Б; к) литературен кабинет "Стилиян Чилингиров" със седалище София и адрес бул. Княз Дондуков 95, вх. Б; л) литературен кабинет "Гьончо Белев" със седалище София и адрес бул. Светослав Тертер 19;
- 3. отдел "Връзки с обществеността": а) обезпечава медийните изяви на музея; б) поддържа актуалната информация на сайта на музея; в) следи за медийните нагласи към музея; г) прави проучвания на нагласите на публиката; д) подготвя и координира публичните изяви на музея; е) координира образователните програми;
- 4. обща администрация, която включва отдел "Финансово-стопански".