(1) Бюджетът на Центъра е част от бюджета на Министерството на отбраната. Финансовото осигуряване се извършва в рамките на определения бюджет на Центъра при спазване на Закона за публичните финанси, закона за държавния бюджет за съответната година, постановлението за неговото изпълнение, указанията на министъра на финансите и указанията на министъра на отбраната.
(2) Центърът участва в процеса на планиране, програмиране и бюджетиране в Министерството на отбраната чрез разработване на програмни меморандуми и бюджетни прогнози.
(3) Центърът изпълнява програмен формат на бюджета. Планирането, програмирането, разходването и отчитането на финансовите средства в Центъра се извършват в съответствие с програмната структура на Министерството на отбраната.
(4) За изпълнението на своите дейности Центърът може да разходва финансови средства и по други програми от програмната структура на Министерството на отбраната.