(1)(Изм. - ДВ, бр. 20 от 2020 г., в сила от 01.04.2020 г.) Агенцията се ръководи и представлява от изпълнителен директор. Договорът с изпълнителния директор се сключва, изменя и прекратява от министъра на земеделието, храните и горите съгласувано с министър-председателя.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 14 от 2012 г.) В дейността си изпълнителният директор се подпомага от двама заместник изпълнителни директори.
(3)(Изм. - ДВ, бр. 14 от 2012 г.) Изпълнителният директор делегира със заповед правомощия на всеки от заместник изпълнителните директори и определя техните функции.
(4)(Изм. - ДВ, бр. 14 от 2012 г.) Заместник изпълнителните директори се назначават и освобождават от изпълнителния директор на агенцията.