(1) Изпълнителният директор:
- 1. организира, ръководи и контролира цялостната дейност на агенцията;
- 2.(изм. - ДВ, бр. 76 от 2008 г., в сила от 01.09.2008 г.) изготвя и представя на министъра на земеделието и храните ежегоден доклад за дейността на агенцията;
- 3. участва в разработването и дава становища по нормативни актове в областта на дейностите по чл. 2, ал. 2;
- 4. сключва договори, свързани с осъществяването на дейността на агенцията;
- 5.(изм. - ДВ, бр. 84 от 2010 г.) утвърждава щатното разписание на длъжностите в агенцията;
- 6. назначава държавните служители и прекратява служебните правоотношения с тях;
- 7. сключва, изменя и прекратява трудовите договори с лицата, работещи по трудово правоотношение;
- 8.(изм. - ДВ, бр. 84 от 2010 г.) назначава дисциплинарен съвет на агенцията и налага дисциплинарни наказания;
- 9. командирова служителите на агенцията в страната и в чужбина;
- 10. осъществява контакти и сътрудничи с държавни органи и с неправителствени организации, както и с международни организации и институции;
- 11.(изм. - ДВ, бр. 76 от 2008 г., в сила от 01.09.2008 г.) председателства комисията по качествените вина в съответствие с чл. 44, ал. 1 от Наредбата за условията, на които трябва да отговарят качествените вина от определен район, реда и начина за тяхното утвърждаване, приета с Постановление № 53 на Министерския съвет от 2000 г. (ДВ, бр. 31 от 2000 г.), и участва в постоянно действащи комисии в Министерството на земеделието и храните, свързани с дейността по чл. 2, ал. 2;
- 12.(нова - ДВ, бр. 111 от 2003 г.) изпълнява функциите на служител по сигурността на информацията по смисъла на Закона за защита на класифицираната информация.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 76 от 2008 г., в сила от 01.09.2008 г.) Изпълнителният директор изпълнява и други функции и задачи, определени с нормативните актове или възложени му от министъра на земеделието и храните.
(3) Функциите на изпълнителния директор в негово отсъствие или когато ползва законоустановен отпуск, се изпълняват от определен от него с писмена заповед за всеки конкретен случай служител на агенцията.
(4)(Нова - ДВ, бр. 84 от 2010 г.) Изпълнителният директор може да делегира със заповед правомощия на главния секретар, когато това е предвидено в друг нормативен акт.