(Изм. - ДВ, бр. 75 от 2002 г., в сила от 04.09.2002 г.) Междуведомствената комисия осъществява следните основни функции и задачи:
- 1. представя в Организацията за забрана на химическото оръжие декларации относно: а) отсъствието на територията на Република България на химическо оръжие, на старо и изоставено химическо оръжие и на обекти за производство на химическо оръжие; б) химическите вещества за поддържане на правовия ред, включително за борба с вътрешни безредици; в) дейностите с токсични химически вещества и техните прекурсори, посочени в приложенията, и с органични химически вещества; г) националната програма за защитни цели;
- 2. осигурява провеждането на инспекции на обекти на територията на Република България;
- 3. осъществява международното сътрудничество на Република България с Организацията за забрана на химическото оръжие и с другите държави-участнички;
- 4. предоставя информация и провежда консултации с други държави-участнички или представя разяснения пред Изпълнителния съвет на Организацията за забрана на химическото оръжие по всеки въпрос, който е предизвикал съмнение относно спазването на конвенцията от Република България;
- 5. внася в Министерския съвет проекти на споразумения между Република България и Организацията за забрана на химическото оръжие относно: а) правоспособността, привилегиите и имунитетите на Организацията за забрана на химическото оръжие; б) изпълнението на дейностите по инспекциите;
- 6. внася в Министерския съвет предложение за оказване на помощ и защита от Организацията за забрана на химическото оръжие срещу употребата или заплахата за употреба против Република България на химическо оръжие и химически вещества за поддържане на правовия ред, включително за борба с вътрешни безредици, като метод за водене на война;
- 7. осигурява плащането на ежегодния членски внос на Република България в Организацията за забрана на химическото оръжие;
- 8.(отм. - ДВ, бр. 75 от 2002 г., в сила от 04.09.2002 г.)
- 9. осигурява прилагането на режима по глава трета чрез събиране на информация и извършване на проверки на обекти;
- 10. определя национална лаборатория за изпълнение на задачите по конвенцията;
- 11.(изм. - ДВ, бр. 75 от 2002 г., в сила от 04.09.2002 г.) изгражда комуникационна мрежа за връзка между междуведомствената комисия, заинтересуваните министерства и ведомства и Секретариата на Организацията за забрана на химическото оръжие;
- 12. подготвя и внася в Министерския съвет проекти на нормативни актове по изпълнението на конвенцията и на този закон;
- 13.(изм. - ДВ, бр. 14 от 2015 г.) изготвя и публикува ежегоден доклад за изпълнението на конвенцията и на този закон.