(1)(Изм. - ДВ, бр. 5 от 2006 г., в сила от 17.01.2006 г., изм. - ДВ, бр. 15 от 2010 г., изм. - ДВ, бр. 36 от 2022 г.) Агенцията се ръководи и представлява от изпълнителен директор, който се назначава от министъра на транспорта и съобщенията съгласувано с министър-председателя.
(2) Изпълнителният директор е орган на изпълнителната власт.