Ръководството на музея се осъществява:
- 1. административно-организационно - от кмета на община Велико Търново;
- 2. методически - от Министерството на културата;
- 3. в научноизследователската дейност - от БАН и съответните ведомствени и научноизследователски институти и учреждения.