(1) Структурата на музея се определя в зависимост от тематичния му обхват и формираните фондове и включва специализирани отдели и администрация.
(2) Специализирани отдели са:
- 1. "Археология";
- 2. "Етнография";
- 3. "История на България XV-XIX век";
- 4. "Нова и най-нова история";
- 5. "Фондове и научен архив";
- 6. "Връзки с обществеността";
- 7. "Лаборатория за консервация и реставрация";
- 8. "Домакинско обслужване."
(3) Администрация. 1. отдел "Административен".
(4) Към музея функционира научна група от специалисти с научна степен или заемащи академична длъжност по ред, определен с наредба на министъра на културата.