(1)(Изм. - ДВ, бр. 29 от 2010 г.) Управлението на банката се осъществява от директор, назначен от министъра на образованието, младежта и науката, хабилитирано лице с над 10 години стаж в областта на микробиологията.
(2) Директорът:
- 1. организира, ръководи и отговаря за цялостната дейност на банката и я представлява пред всички държавни органи, учреждения, организации, физически и юридически лица в страната и в чужбина;
- 2.(изм. - ДВ, бр. 29 от 2010 г.) определя вътрешната структура на банката на базата на определената от Министерството на образованието, младежта и науката численост на персонала;
- 3. управлява средствата, предоставени му от бюджета и от договори по собствена научна, научно-приложна и депозитна дейност;
- 4. има функции на работодател по отношение на служителите на банката и определя размера на индивидуалните възнаграждения и другите материални и морални стимули в съответствие с наличните фондове и законодателството;
- 5. издава правилник за вътрешния ред на банката;
- 6. назначава дирекционен съвет, който се състои от директора, заместник-директора, научния секретар и главния счетоводител, и подпомага директора при изпълнението на правилника за вътрешния ред на банката.