(1)(Изм. - ДВ, бр. 96 от 2005 г., в сила от 01.12.2005 г., изм. - ДВ, бр. 15 от 2010 г., изм. - ДВ, бр. 33 от 2015 г., изм. - ДВ, бр. 36 от 2022 г.) Агенцията е юридическо лице със седалище Русе - второстепенен разпоредител с бюджет към министъра на транспорта и съобщенията.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 96 от 2005 г., в сила от 01.12.2005 г., изм. - ДВ, бр. 15 от 2010 г., доп. - ДВ, бр. 64 от 2011 г., изм. - ДВ, бр. 36 от 2022 г.) Министърът на транспорта и съобщенията осъществява контрол върху дейността на агенцията чрез дирекция "Звено за вътрешен одит" и инспектората на Министерството на транспорта и съобщенията.