Агенцията събира приходи от:
- 1.(доп. - ДВ, бр. 33 от 2015 г.) услуги от съдоподемна, маневрена и аварийно-спасителна дейност;
- 2. водолазни услуги;
- 3.(изм. - ДВ, бр. 68 от 2008 г., в сила от 01.08.2008 г.) извършване на геодезически и хидрографски дейности;
- 4. предоставяне на хидроложка и хидрометеорологична информация;
- 5. драгажна дейност;
- 6.(нова - ДВ, бр. 33 от 2015 г.) таксите, свързани с разрешителния режим за изземване на наносни отложения по чл. 50, ал. 2 от Закона за водите;
- 7.(нова - ДВ, бр. 33 от 2015 г.) наеми от имущество.