(1)(Изм. - ДВ, бр. 58 от 2012 г., в сила от 01.08.2012 г.) Комендантство - МО, е организирано в ръководство, шест отдела и Технически център по сигурността на информацията във въоръжените сили.
(2) Ръководството на Комендантство - МО, се състои от директор, заместник-директор, главен юрисконсулт и финансов контрольор.
(3) Общата численост на служителите в Комендантство - МО, е 172 щатни бройки.