По бюджета на агенцията постъпват средства от:
- 1. финансирания по съвместни програми с Европейския съюз и други международни организации;
- 2. издаване и разпространение на брошури, доклади, разработки и други специализирани издания в областта на специфичните одитни дейности по фондове и програми на Европейския съюз;
- 3. участия в международни програми, проекти и споразумения;
- 4. провеждане на обучения в областта на осъществяването на специфични одитни дейности по фондове и програми на Европейския съюз;
- 5. други източници.