Полифизиографското изследване включва следните етапи:
- 1. анализ на предоставената предварителна информация за конкретния случай;
- 2. предтестово интервю, избор на тестови формат и формулиране на въпроси, свързани с изследваните теми;
- 3. инструментална част, която включва провеждане на тест с полифизиограф и запис на реакциите на изследваното лице на полиграми;
- 4. оценка на полиграмите;
- 5. следтестово интервю – провежда се в случаи на индикация за лъжа на полифизиографското изследване, когато се налага да се обсъдят проблемните теми, както и да се направят допълнителни тестове.