(Изм. - ДВ, бр. 94 от 2017 г.) Специализираната администрация е организирана във:
- 1. Главна дирекция „Земеделие и регионална политика“ с две териториални звена: Център за изпитване и сертифициране – Пловдив, и Център за изпитване и сертифициране – Русе, със статут на дирекции;
- 2. дирекция „Поземлени отношения и комасация“;
- 3. дирекция „Търговски дружества и държавни предприятия“;
- 4. дирекция „Пазарни мерки и организации на производители“;
- 5. дирекция „Директни плащания и идентификация на земеделски парцели“;
- 6. дирекция „Анализ и стратегическо планиране“;
- 7. дирекция „Държавни помощи и регулации“;
- 8. дирекция „Европейска координация и международни отношения“;
- 9. дирекция „Развитие на селските райони“;
- 10. дирекция „Морско дело и рибарство“;
- 11. дирекция „Обща политика в областта на хидромелиорациите и рибарството“;
- 12. дирекция „Политики по агрохранителната верига“;
- 13. дирекция „Растениевъдство и биологично производство“;
- 14. дирекция „Животновъдство“;
- 15.(отм. - ДВ, бр. 94 от 2017 г.)