(1) Агенцията се ръководи и представлява от изпълнителен директор.
(2) Договорът с изпълнителния директор се сключва, изменя и прекратява от министъра на енергетиката и енергийните ресурси съгласувано с министър-председателя.
(3) Изпълнителният директор е орган на изпълнителната власт.
(4) В изпълнение на своите правомощия изпълнителният директор издава индивидуални административни актове в съответствие с действащото законодателство.