Центърът изпълнява функции на:
- 1. специализиран орган на Министерството на здравеопазването по проблемите на заразните и паразитните болести;
- 2. методичен ръководител на регионалните инспекции по опазване и контрол на общественото здраве (РИОКОЗ), на лечебните и здравните заведения в страната по отношение профилактиката и контрола на заразните и паразитните болести;
- 3. база за следдипломно обучение по проблемите на заразните и паразитните болести;
- 4. национален референтен център по лабораторна диагностика на заразните и паразитните болести.