Центърът изпълнява следните дейности:
- 1. организира дейността по реализацията на стратегията и политиката на Министерството на здравеопазването в борбата със заразните и паразитните болести в страната и изпълнението на Националния имунизационен календар;
- 2. пряко подпомага оперативната дейност на Министерството на здравеопазването по надзора на заразните болести, ефективната дейност на системите за ранно оповестяване и организиране на отговор, реагиране в случаите на възникване на епидемични взривове и епидемии, поява на нови заразни болести, използване на биологични агенти за причиняване на вреди, опазване на страната от внос и разпространение на инфекции, контрол на вътреболничните инфекции и др.;
- 3. изготвя годишни отчети и анализи относно инфекциозната и паразитната заболяемост в страната;
- 4. разработва и предлага проекти на нормативни актове, свързани със заразните и паразитните болести;
- 5. изготвя епидемиологични анализи и прогнози за състоянието и тенденциите на заболяемостта от заразни и паразитни болести, както и програми и методични указания за тяхната профилактика и контрол;
- 6. осигурява консултативна и експертна помощ на РИОКОЗ, лечебните и здравните заведения по предотвратяването, възникването и ликвидирането на епидемични ситуации в страната и цялостна организационно-методична дейност по проблемите на профилактиката, ранното оповестяване, контрола и надзора на заразните и паразитните болести, вътреболничните инфекции и борбата с биотероризма;
- 7. извършва научноизследователска дейност в областта на заразните, паразитните, имунните и алергичните болести;
- 8. участва в изготвянето и изпълнението на национални и международни програми, свързани с епидемиологията, диагностиката, лечението и профилактиката на заразните, паразитните, имунните и алергичните заболявания;
- 9. извършва консултативна, научно-експертна работа и методична дейност по всички въпроси на епидемиологията, етиологичната диагностика, лечението и профилактиката на заразните, паразитните, имунните и алергичните болести и вътреболничните инфекции;
- 10. извършва лабораторна диагностика: текуща, референтна и високоспециализирана в областта на микробиологията, вирусологията, паразитологията, имунологията и алергологията;
- 11. провежда външен лабораторен контрол за качеството на дейността на лабораториите, осъществяващи микробиологична, вирусологична, паразитологична и имунологична диагностика в страната;
- 12. осъществява научно-приложна дейност чрез лабораторно производство на диагностични тестове, алергени и други биопродукти;
- 13. участва в разработването на програми за обучение на студенти и специализанти и осъществява следдипломно обучение съгласно Наредба № 31 от 2001 г. за следдипломно обучение в системата на здравеопазването;
- 14. осъществява обучение на български и чуждестранни граждани за получаване на образователна и научна степен “доктор” по научни специалности, получили акредитация по Закона за висшето образование;
- 15. дава експертна оценка за произведените у нас или внесени от чужбина препарати за дезинфекция, дезинсекция и дератизация (ДДД);
- 16. извършва експертна оценка на биологични препарати от внос;
- 17. дава консултации, експертни становища и заключения за методите, качеството и ефективността на микробиологичната, вирусологичната, паразитологичната и имунологичната лабораторна диагностика в страната и етиотропната профилактика и терапия на заразните болести;
- 18. извършва микробиологични, вирусологични, паразитологични, имунологични и алергологични анализи и изследвания на произведени в страната или внесени от чужбина продукти, препарати, суровини и предмети за бита;
- 19. разработва информационни, методични, научноизследователски и здравнопросветни материали.