Администрацията на агенцията е организирана във:
- 1.(изм. - ДВ, бр. 29 от 2015 г., в сила от 21.04.2015 г., изм. - ДВ, бр. 26 от 2016 г., в сила от 01.04.2016 г.) дирекция "Вътрешен одит";
- 2.(нова - ДВ, бр. 29 от 2015 г., в сила от 21.04.2015 г.) финансов контрольор;
- 3.(предишна т. 2 - ДВ, бр. 29 от 2015 г., в сила от 21.04.2015 г.) обща администрация;
- 4.(предишна т. 3 - ДВ, бр. 29 от 2015 г., в сила от 21.04.2015 г.) специализирана администрация.