(1)(Изм. - ДВ, бр. 91 от 2013 г., в сила от 18.10.2013 г.) Специализираната администрация на агенцията е организирана във:
- 1.(изм. - ДВ, бр. 91 от 2013 г., в сила от 18.10.2013 г., изм. - ДВ, бр. 29 от 2015 г., в сила от 21.04.2015 г., отм. - ДВ, бр. 8 от 2024 г., в сила от 01.02.2024 г.)
- 2.(доп. - ДВ, бр. 59 от 2011 г., в сила от 02.08.2011 г., изм. - ДВ, бр. 91 от 2013 г., в сила от 18.10.2013 г., изм. - ДВ, бр. 26 от 2016 г., в сила от 01.04.2016 г.) дирекция "Растителна защита и контрол на качеството на пресни плодове и зеленчуци"; 2а. (нова - ДВ, бр. 26 от 2016 г., в сила от 01.04.2016 г.) дирекция "Продукти за растителна защита, торове и контрол";
- 3.(отм. - ДВ, бр. 91 от 2013 г., в сила от 18.10.2013 г.)
- 4.(изм. - ДВ, бр. 91 от 2013 г., в сила от 18.10.2013 г., изм. - ДВ, бр. 90 от 2020 г., в сила от 01.11.2020 г., изм. - ДВ, бр. 8 от 2024 г., в сила от 01.02.2024 г.) дирекция "Здравеопазване, идентификация и хуманно отношение към животните"; 4а. (нова - ДВ, бр. 90 от 2020 г., в сила от 01.11.2020 г.) дирекция "Контрол на фуражите и страничните животински продукти";
- 5.(изм. - ДВ, бр. 90 от 2020 г., в сила от 01.11.2020 г., изм. - ДВ, бр. 8 от 2024 г., в сила от 01.02.2024 г.) дирекция "Контрол на ветеринарни лекарствени продукти";
- 6.(изм. - ДВ, бр. 91 от 2013 г., в сила от 18.10.2013 г., изм. - ДВ, бр. 29 от 2015 г., в сила от 21.04.2015 г.) дирекция "Контрол на храните";
- 7.(изм. - ДВ, бр. 91 от 2013 г., в сила от 18.10.2013 г., изм. - ДВ, бр. 29 от 2015 г., в сила от 21.04.2015 г., отм. - ДВ, бр. 71 от 2016 г., в сила от 01.10.2016 г., нова - ДВ, бр. 90 от 2020 г., в сила от 01.11.2020 г.) дирекция "Лабораторен контрол";
- 8.(отм. - ДВ, бр. 91 от 2013 г., в сила от 18.10.2013 г.)
- 9.(отм. - ДВ, бр. 91 от 2013 г., в сила от 18.10.2013 г.)
- 10.(отм. - ДВ, бр. 91 от 2013 г., в сила от 18.10.2013 г.)
- 11.(изм. - ДВ, бр. 91 от 2013 г., в сила от 18.10.2013 г., изм. - ДВ, бр. 29 от 2015 г., в сила от 21.04.2015 г.) дирекция "Граничен контрол".
- 12.(отм. - ДВ, бр. 91 от 2013 г., в сила от 18.10.2013 г.)
(2) В състава на агенцията се включват и:
- 1.(отм. - ДВ, бр. 91 от 2013 г., в сила от 18.10.2013 г.)
- 2. специализирани структури, както следва: а) Националният диагностичен научноизследователски ветеринарномедицински институт - София; б) Централната лаборатория по ветеринарно-санитарна експертиза и екология (ЦЛВСЕЕ) - София; в) Централната лаборатория за химични изпитвания и контрол (ЦЛХИК) - София; г) Централната лаборатория по карантина на растенията (ЦЛКР) - София; д) (нова - ДВ, бр. 68 от 2015 г., в сила от 04.09.2015 г.) Централна лаборатория за окачествяване на зърно и фуражи (ЦЛОЗФ) - София.
- 3.(отм. - ДВ, бр. 71 от 2016 г., в сила от 01.10.2016 г.)
(3)(Нова - ДВ, бр. 90 от 2020 г., в сила от 01.11.2020 г., изм. - ДВ, бр. 8 от 2024 г., в сила от 01.02.2024 г.) Областните дирекции по безопасност на храните (ОДБХ) са:
- 1. областни дирекции по безопасност на храните със седалище в Благоевград, Варна, Велико Търново, Видин, Враца, Габрово, Добрич, Кюстендил, Кърджали, Ловеч, Монтана, Пазарджик, Перник, Плевен, Разград, Русе, Силистра, Сливен, Смолян, Софийска област, Стара Загора, Търговище, Хасково, Шумен и Ямбол;
- 2. областни дирекции по безопасност на храните с функции и на граничен контрол на храни от неживотински произход със седалище в Бургас, Пловдив и София.
(4)(Изм. - ДВ, бр. 29 от 2015 г., в сила от 21.04.2015 г., изм. - ДВ, бр. 71 от 2016 г., в сила от 01.10.2016 г., , предишна ал. 3 - ДВ, бр. 90 от 2020 г., в сила от 01.11.2020 г.) Областните дирекции по безопасност на храните и специализираните структури имат банкови сметки, съставят отчет за касово изпълнение на бюджета и баланс и са разпоредители с бюджет от по-ниска степен в структурата на БАБХ.
(5)(Изм. - ДВ, бр. 26 от 2016 г., в сила от 01.04.2016 г., предишна ал. 4 - ДВ, бр. 90 от 2020 г., в сила от 01.11.2020 г.) Областните дирекции по безопасност на храните и специализираните структури по ал. 2, т. 2 са юридически лица в структурата на агенцията и са със статут на дирекции.