(1) Административното ръководство на агенцията се осъществява от главен секретар, който се назначава от изпълнителния директор.
(2) Главният секретар ръководи, координира и контролира функционирането на агенцията за точното спазване на нормативните актове и за изпълнението на законните разпореждания на изпълнителния директор.
(3) Главният секретар организира работата с предложенията и сигналите в съответствие с разпоредбите на Административнопроцесуалния кодекс.