(Изм. - ДВ, бр. 36 от 2026 г.) Специализираната администрация е организирана в една Главна дирекция и три дирекции:
- 1. Главна дирекция "Лабораторно-аналитична дейност" с териториални звена - регионални лаборатории със статут на отдели, които са подчинени функционално и методически на централната лаборатория - гр. София;
- 2. дирекция "Мониторинг и оценка на околната среда";
- 3.(изм. - ДВ, бр. 36 от 2026 г.) дирекция "Комплексно предотвратяване и ограничаване на промишленото замърсяване";
- 4.(нова - ДВ, бр. 36 от 2026 г.) дирекция "Ограничаване на изменението на климата и инвентаризация на емисии".