(1) Изпълнителният директор на Агенцията организира работата на администрацията чрез вътрешни правила и заповеди.
(2) Изпълнителният директор на Агенцията разработва стратегически цели и годишни планове, които са съобразени със стратегическите и планове, определени от министъра на околната среда и водите.