(1) Администрацията на агенцията е организирана в една главна дирекция и четири дирекции, разпределени в обща и специализирана администрация и звено за вътрешен одит.
(2) Със заповед на председателя на агенцията се създават, преобразуват и закриват отдели и сектори в рамките на дирекциите по ал. 1, с която се определя и разпределението на функциите на тези звена.