(1) Структурата на музея се определя в зависимост от тематичния му обхват и формираните фондове и включва специализирани отдели и администрация, организирана в Административен отдел.
(2) Специализирани отдели са:
- 1. "История на българските земи в древността (Праистория - Късна античност)";
- 2. "История на България през Средните векове (VII - XVII век)";
- 3. "История на България през Възраждането (XVIII - XIX век)";
- 4. "Нова и Най-нова история (XIX - XX век)";
- 5. "Фондове";
- 6. "Отдел експозиционна и международна дейност";
- 7. "Централна лаборатория за консервация и реставрация";
- 8. "Технически отдел";
- 9. "Информационно обслужване и връзки с обществеността";
- 10. "Екскурзоводи и информатори";
- 11. "Финансово-счетоводен";
- 12.(нова - ДВ, бр. 50 от 2025 г., в сила от 20.06.2025 г.) "Център за интердисциплинарни изследвания и палеогеномно знание".