Към музея функционират териториални структури, изнесени извън седалището и адреса на управление на музея:
- 1. Музей "Боянска църква" със седалище София и адрес на управление София, кв. Бояна, ул. Боянско езеро № 3;
- 2. Музей "Земенски манастир" със седалище гр. Земен и адрес на управление гр. Земен, ул. Манастирска № 2;
- 3. Музей "Параход "Радецки" със седалище гр. Козлодуй и адрес на управление гр. Козлодуй, ул. Христо Ботев № 82;
- 4. Църква "Св. 40 мъченици" със седалище гр. Велико Търново и адрес на управление гр. Велико Търново, ул. Климент Охридски № 22.
- 5.(отм. - ДВ, бр. 68 от 2021 г.)