Специализираната администрация е организирана в 6 дирекции:
- 1. дирекция “Проекти, структурна реформа и държавно участие”;
- 2. дирекция “Енергийна стратегия, икономически анализи и прогнози”;
- 3. дирекция “Европейска интеграция и международни проекти”;
- 4. дирекция “Електроенергетика и топлоенергетика”;
- 5. дирекция “Енергийни ресурси”;
- 6. дирекция “Ядрена енергетика и ядрена безопасност”.