(1) Според разпределението на дейностите, които извършва, администрацията на НИО е обща и специализирана.
(2) Общата администрация е организирана в дирекция "Административно осигуряване" (АО), която подпомага осъществяването на правомощията на директора като ръководител на НИО, създава условия за осъществяване на дейността на специализираната администрация и извършва техническите дейности по административното обслужване.
(3) Специализираната администрация е организирана в дирекция "Инспектиране", която подпомага осъществяване правомощията на директора, свързани с неговата компетентност, като участва в организирането и провеждането на обучението на лицата по чл. 15, ал. 3, в планирането, организирането и осъществяването на инспектиране, формира оценка за силните страни в дейността на детските градини и училищата и определя насоките за подобряване.
(4) Дирекциите се ръководят от директори, които се назначават от директора на НИО по реда на Закона за държавния служител.