(Изм. - ДВ, бр. 54 от 2020 г., в сила от 16.06.2020 г., изм. - ДВ, бр. 17 от 2021 г., в сила от 01.03.2021 г., изм. - ДВ, бр. 10 от 2024 г., в сила от 01.02.2024 г., изм. - ДВ, бр. 64 от 2025 г.) Специализираната администрация е организирана в една главна дирекция и 8 дирекции и включва:
- 1. Главна дирекция "Оперативна програма "Околна среда";
- 2.(изм. - ДВ, бр. 3 от 2019 г., отм. - ДВ, бр. 17 от 2021 г., в сила от 01.03.2021 г., нова - ДВ, бр. 10 от 2024 г., в сила от 01.02.2024 г., изм. - ДВ, бр. 64 от 2025 г.) Дирекция "Политика по изменение на климата";
- 3. дирекция "Национална служба за защита на природата";
- 4.(изм. - ДВ, бр. 3 от 2019 г.) дирекция "Опазване чистотата на въздуха";
- 5.(изм. - ДВ, бр. 3 от 2019 г.) дирекция "Екологична оценка, оценка на въздействието върху околната среда и предотвратяване на замърсяването";
- 6.(отм. - ДВ, бр. 10 от 2024 г., в сила от 01.02.2024 г.)
- 7. дирекция "Управление на отпадъците и опазване на почвите";
- 8. дирекция "Управление на водите";
- 9. дирекция "Координация по въпросите на Европейския съюз и международно сътрудничество";
- 10.(нова - ДВ, бр. 54 от 2020 г., в сила от 16.06.2020 г.) дирекция "Национален координационен център".