Главният секретар ръководи, организира, координира и контролира функционирането на администрацията, като:
- 1. осъществява административното ръководство на администрацията в изпълнение на актовете на председателя на Комисията;
- 2. следи за точното им спазване;
- 3. контролира и отговаря за работата с документите и тяхното съхраняване;
- 4. организира дейността, разпределя задачите и следи за изпълнението им в администрацията на Комисията;
- 5. изготвя проекти на заповеди за състава на работните групи, които подпомагат докладчиците при извършване на проучване по отделните преписки;
- 6. уведомява членовете и заинтересуваните лица и изготвя дневния ред за заседанията на Комисията;
- 7. организира редовното призоваване на страните;
- 8. организира и отговаря за управлението на ползваните недвижими имоти и движими вещи, предоставени на Комисията;
- 9. изпълнява и други задачи, възложени му от председателя.