(1) Административното ръководство на агенцията се осъществява от главен секретар в изпълнение на законовите разпореждания на изпълнителния директор.
(2) Главният секретар се назначава от изпълнителния директор.
(3) Главният секретар:
- 1. осигурява организационната връзка между изпълнителния директор и административните звена;
- 2. координира оперативното изпълнение на съвместните задачи, възложени на общата и специализираната администрация;
- 3.(изм. - ДВ, бр. 71 от 2021 г., в сила от 01.09.2021 г.) координира оперативното взаимодействие с Министерството на земеделието, храните и горите, с други органи на изпълнителната власт и с неправителствени организации;
- 4. отговаря за планирането и отчетността при изпълнение на ежегодните цели на администрацията;
- 5. упражнява контрол за спазване на сроковете по приключване на образуваните в администрацията преписки;
- 6. осигурява условия за ефективна работа на всички административни звена на агенцията;
- 7. контролира провеждането на процедурите за възлагане на обществените поръчки;
- 8. изготвя годишен доклад за състоянието на администрацията и го представя на изпълнителния директор;
- 9. утвърждава длъжностните характеристики на служителите в администрацията;
- 10. организира и отговаря за провеждането на атестирането на служителите в администрацията и обучението им;
- 11. следи за законосъобразната обработка и защита на личните данни съгласно Закона за защита на личните данни;
- 12. изпълнява и други дейности, възложени му от изпълнителния директор.
(4) При отсъствие на главния секретар неговите функции се изпълняват от определено от изпълнителния директор с писмена заповед лице за всеки конкретен случай.