(1) Структурата на музея се определя в зависимост от тематичния му обхват и формираните фондове и включва специализирани отдели и администрация.
(2) Специализирани отдели са:
- 1. "Експозиционен и работа с публиката";
- 2. "Фондове, реставрация и консервация, включително база "ВЕЦ Панчарево" в с. Кокаляне, с фондохранилища".
(3) Администрацията е организирана в отдел "Финансово и административно обслужване".