Музеят има следните филиали:
- 1. "Музей на текстилната индустрия" със седалище в Сливен и дейност по опазване на културни ценности и представяне на развитието на техниката и технологиите в текстилното производство на България.
- 2. "Национален архитектурен музей" със седалище в София и дейност по представяне на архитектурата на България.