Специализираната администрация подпомага ДКСИ при осъществяването на правомощията и и е организирана в 5 дирекции:
- 1. дирекция "Правна и международноправна дейност";
- 2. дирекция "Защита на класифицираната информация";
- 3. дирекция "Информационни фондове и системи";
- 4. дирекция "Сигурност";
- 5. дирекция "Специална куриерска служба".