(1) Агенцията се ръководи и представлява от изпълнителен директор. Договорът с изпълнителния директор се сключва, изменя и прекратява от министъра на труда и социалната политика съгласувано с министър-председателя.
(2)(Нова - ДВ, бр. 63 от 2003 г., в сила от 01.07.2003 г., изм. - ДВ, бр. 68 от 2018 г., в сила от 01.09.2018 г.) В дейността си изпълнителният директор се подпомага от трима заместник изпълнителни директори.
(3)(Нова - ДВ, бр. 63 от 2003 г., в сила от 01.07.2003 г.) Трудовите правоотношения със заместник изпълнителните директори се сключват, изменят и прекратяват от изпълнителния директор съгласувано с министъра на труда и социалната политика.
(4)(Нова - ДВ, бр. 63 от 2003 г., в сила от 01.07.2003 г.) Със заповед изпълнителният директор определя функции и делегира правомощия на своите заместници.
(5)(Нова - ДВ, бр. 63 от 2003 г., в сила от 01.07.2003 г.) Функциите на изпълнителния директор в негово отсъствие поради командировка или ползване на законоустановения отпуск се изпълняват от заместник изпълнителен директор, определен със заповед на изпълнителния директор за всеки конкретен случай и за срока на отсъствието.
(6)(Предишна ал. 2 - ДВ, бр. 63 от 2003 г., в сила от 01.07.2003 г.) Към изпълнителния директор на агенцията се създава инспекторат.