(1) Агенцията е организирана в две дирекции.
(2) Общата администрация е организирана в дирекция “Административно-правно, финансово и информационно обслужване”.
(3) Специализираната администрация е организирана в дирекция “Администриране на проекти по младежки дейности”.
(4) Със заповед изпълнителният директор може да създава отдели и сектори в дирекциите.