Специализираната администрация е организирана в дирекции, както следва:
- 1. дирекция "Превенция на корупцията";
- 2. дирекция "Публичен регистър";
- 3. дирекция "Конфликт на интереси";
- 4. дирекция "Разследване";
- 5. дирекция "Оперативни дейности".