(1) Медицинският институт включва:
- 1.(изм. - ДВ, бр. 68 от 2015 г., в сила от 04.09.2015 г.) ръководство, което се състои от директор и заместник-директори;
- 2. лечебни заведения за болнична помощ: а) (изм. и доп. - ДВ, бр. 68 от 2015 г., в сила от 04.09.2015 г.) Многопрофилна болница за активно лечение - Централна клинична база в София, която се състои от консултативно-диагностичен блок, стационарен блок, болнична аптека, административни, стопански и други обслужващи звена; б) (изм. - ДВ, бр. 70 от 2025 г., в сила от 26.08.2025 г.) Болница за продължително лечение и рехабилитация - филиал в Банкя, която се състои от болнични отделения, филиална клинична лаборатория, аптека и административно-стопанска част; в) (изм. - ДВ, бр. 70 от 2025 г., в сила от 26.08.2025 г.) Болница за продължително лечение и рехабилитация - филиал във Варна, която се състои от болнични отделения, филиална клинична лаборатория, аптека и административно-стопанска част; г) (изм. - ДВ, бр. 70 от 2025 г., в сила от 26.08.2025 г.) Болница за продължително лечение и рехабилитация - филиал в гр. Хисаря, която се състои от болнични отделения, филиална клинична лаборатория, аптека и административно-стопанска част;
- 3.(изм. - ДВ, бр. 70 от 2025 г., в сила от 26.08.2025 г.) медицински служби за осигуряване на първична извънболнична медицинска помощ на служителите от структурите на МВР по чл. 37 от ЗМВР;
- 4. централна експертно-лекарска комисия;
- 5.(нова - ДВ, бр. 70 от 2025 г., в сила от 26.08.2025 г.) сектор "Ведомствен здравен контрол".
(2)(Доп. - ДВ, бр. 68 от 2015 г., в сила от 04.09.2015 г.) Организацията на дейността и вътрешният ред на структурите по ал. 1, т. 2 се определят с правилници, издадени от директора на медицинския институт.