(1)(Доп. - ДВ, бр. 70 от 2025 г., в сила от 26.08.2025 г.) Медицинският институт се ръководи от директор, който се назначава от министъра на вътрешните работи по реда на Кодекса на труда и ЗМВР.
(2)(Доп. - ДВ, бр. 68 от 2015 г., в сила от 04.09.2015 г.) Директорът на института е хабилитирано лице с висше медицинско образование и призната медицинска специалност и с квалификация по Здравен мениджмънт.