(1) Генералният директор:
- 1. представлява националната служба в страната и в чужбина;
- 2. организира, ръководи и контролира дейността на националната служба;
- 3.(изм. - ДВ, бр. 88 от 2008 г., в сила от 10.10.2008 г.) представя на министъра на земеделието и храните ежегоден отчет за дейността на националната служба;
- 4. осъществява правомощията по възникване, изменение и прекратяване на служебните и трудови правоотношения на служителите от националната служба (НС);
- 5. налага дисциплинарни наказания на служителите в НС;
- 6. утвърждава длъжностните разписания на служителите в НС;
- 7. сключва договори, свързани с дейността на НС;
- 8. разрешава разходването на средства за закупуване и поддържане на дълготрайни материални активи, строителство и ремонтни дейности;
- 9.(изм. - ДВ, бр. 88 от 2008 г., в сила от 10.10.2008 г.) участва в работата на колегиума на Министерството на земеделието и храните и организира изпълнението на неговите решения, свързани с дейността на националната служба;
- 10.(изм. - ДВ, бр. 88 от 2008 г., в сила от 10.10.2008 г.) издава разрешителни и други актове, посочени в Закона за защита на растенията (ЗЗР);
- 11.(изм. - ДВ, бр. 88 от 2008 г., в сила от 10.10.2008 г.) осъществява и други правомощия, които са му предоставени със закон, акт на Министерския съвет или възложени от министъра на земеделието и храните.
(2) Генералният директор в изпълнение на своите правомощия издава индивидуални административни актове.
(3) Генералният директор осъществява функции по чл. 20, ал. 3 от Закона за защита на класифицираната информация (ЗЗКИ).
(4)(Изм. - ДВ, бр. 88 от 2008 г., в сила от 10.10.2008 г.) При отсъствие на генералния директор функциите се изпълняват от заместник генералния директор или от определен от генералния директор с писмена заповед служител на националната служба.
(5)(Изм. - ДВ, бр. 3 от 2011 г., в сила от 11.01.2011 г.) Генералният директор може да възлага на директорите на регионалните служби и лабораториите отделни свои правомощия по трудовото и служебното правоотношение, с изключение на възникването, прекратяването и налагането на дисциплинарни наказания по трудово и служебно правоотношение.