(1)(Изм. - ДВ, бр. 32 от 2005 г., изм. - ДВ, бр. 88 от 2008 г., в сила от 10.10.2008 г., изм. - ДВ, бр. 3 от 2011 г., в сила от 11.01.2011 г.) Генералният директор осъществява правомощията си с помощта на администрация. Общата численост на администрацията е 402 щатни бройки.
(2) Според дейностите, които извършва, администрацията е обща и специализирана.
(3)(Изм. - ДВ, бр. 88 от 2008 г., в сила от 10.10.2008 г.) Общата администрация осигурява технически дейността на генералния директор и на специализираната администрация и е организирана в две дирекции: "Административно-правна, човешки ресурси, информационно и инвестиционно обслужване" и "Финансови дейности и управление на собствеността".
(4) Специализираната администрация е организирана във:
- 1. Главна дирекция "Растителна защита";
- 2. Централна лаборатория по карантина на растенията (ЦЛКР);
- 3.(изм. - ДВ, бр. 32 от 2005 г.) Централна лаборатория за химични изпитвания и контрол.
- 4.(отм. - ДВ, бр. 3 от 2011 г., в сила от 11.01.2011 г.)
(5) В състава на главната дирекция влизат 14 регионални служби за растителна защита във: Благоевград, Бургас, Варна, Велико Търново, Видин, Враца, Добрич, Кюстендил, Плевен, Пловдив, Русе, София, Стара Загора и Хасково.
(6)(Изм. - ДВ, бр. 3 от 2011 г., в сила от 11.01.2011 г.) Специализираните териториални звена по ал. 4, т. 2 и 3 и ал. 5 са със статут на дирекции.
(7) Разпределението на щатните бройки по административни звена е посочено в приложението.