Специализираната администрация включва звената, които пряко подпомагат и осигуряват осъществяването на правомощията на комисията, и включва:
- 1. дирекция "Правна";
- 2. дирекция "Електроенергетика и топлоенергетика";
- 3. дирекция "Природен газ";
- 4.(нова - ДВ, бр. 23 от 2020 г., в сила от 14.03.2020 г.) дирекция "Мониторинг и контрол по изпълнение на Регламент (ЕС) № 1227/2011 на Европейския парламент и на Съвета от 25 октомври 2011 г. относно интегритета и прозрачността на пазара за търговия на едро с енергия";
- 5.(предишна т. 4 - ДВ, бр. 23 от 2020 г., в сила от 14.03.2020 г.) Главна дирекция "Водоснабдителни и канализационни услуги".