(1)(Изм. - Решение № 368 по Протокол № 64 от 26.06.2014 г.) Структурата на ОКИ "Музей за история на София" включва 5 отдела:
- 1. отдел "Движими културни ценности" със следните два сектора: 1.1. сектор "Научно-експозиционна дейност"; 1.2. сектор "Фондове и реставрационно ателие";
- 2. отдел "Опазване на недвижимото културно наследство";
- 3. отдел "PR и реклама";
- 4. финансов отдел;
- 5. технически отдел - в него влиза и обслужването на Паметника на Незнайния войн.
(2) Към ОКИ МИС функционира научна библиотека и научна група.