ОКИ "Музей за история на София" се финансира със средства от:
- 1. бюджета на Столична община;
- 2. реализирани собствени приходи от извършване на услуги, спонсорство, дарения, завещания от български и чуждестранни физически и юридически лица и др.;
- 3. спечелени проекти по международни и национални програми.