Специализираната администрация е организирана във:
- 1. Главна дирекция „Гражданска регистрация и административно обслужване“;
- 2. Главна дирекция „Програмиране на регионалното развитие“;
- 3. Главна дирекция „Управление на териториалното сътрудничество“;
- 4. Главна дирекция „Стратегическо планиране на регионалното развитие и административно-териториално устройство“;
- 5. дирекция „Европейска координация и международно сътрудничество“;
- 6. дирекция „Търговски дружества и държавни предприятия“;
- 7. дирекция „Обновяване на жилищни сгради“;
- 8. дирекция „Държавна собственост“;
- 9. дирекция „Публично-частно партньорство и концесии“;
- 10. дирекция „Водоснабдяване и канализация“;
- 11. дирекция „Устройствени планове, национална експертиза, инфраструктурни проекти и геозащита“.