(1)(Изм. - ДВ, бр. 10 от 2024 г., в сила от 01.02.2024 г.) Националният институт по метеорология и хидрология е организиран в общи и специализирани структурни звена с обща численост на персонала 714 щатни бройки съгласно приложението.
(2) Общите структурни звена осъществяват: финансово-счетоводни и административно-стопански дейности, административноправно обслужване, управление на човешките ресурси и на собствеността, международни дейности, връзки с обществеността и протокол.
(3) Общите структурни звена са организирани в отдели. Отделите може да имат териториално изнесени сектори на територията на филиалите.
(4) Специализираните структурни звена осъществяват научна, научноприложна и оперативна дейност в областта на метеорологията, хидрологията и агрометеорологията, както и иновативна и образователна дейност.
(5) Специализираните структурни звена са департаменти и филиали.