(1) Департаментите на НИМХ са специализирани структурни звена за координиране и ръководство на научни и научноприложни изследвания и оперативни дейности по основните направления от дейността на НИМХ и методическо ръководство на съответните мрежи от хидрометеорологични и агрометеорологични наблюдения.
(2) Ръководството на департаментите се осъществява от директори.
(3) В департаментите може да се създават: научни секции, отдели, сектори и лаборатории.