(1) Издръжката на агенцията се формира от бюджетни средства и от приходи от собствена дейност.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 24 от 2014 г.) Бюджетните средства се осигуряват от субсидия от държавния бюджет чрез бюджета на Министерството на здравеопазването.
(3) Приходите от собствена дейност се формират от:
- 1. средствата по чл. 21 от Закона за лекарствените продукти в хуманната медицина (ЗЛПХМ);
- 2. средствата по чл. 7 от Закона за медицинските изделия (ЗМИ);
- 3. финансиране по програми на Европейския съюз и други международни организации;
- 4. участия в международни програми, проекти и споразумения;
- 5. други източници.