(Изм. - ДВ, бр. 7 от 2013 г.)
(1) Агенцията се ръководи и представлява от изпълнителен директор, който се подпомага от заместник изпълнителен директор.
(2)(Нова - ДВ, бр. 74 от 2014 г.) Изпълнителният директор е лице с придобита образователно-квалификационна степен "магистър" по "фармация" или "медицина" и пет години професионален опит в областта на фармацията или медицината.
(3)(Предишна ал. 2 - ДВ, бр. 74 от 2014 г.) Изпълнителният директор заема длъжността по трудово правоотношение, като трудовият договор се сключва, изменя и прекратява от министъра на здравеопазването съгласувано с министър-председателя.
(4)(Предишна ал. 3 - ДВ, бр. 74 от 2014 г.) Заместник изпълнителният директор заема длъжността по трудово правоотношение, като трудовият договор се сключва, изменя и прекратява от изпълнителния директор съгласувано с министъра на здравеопазването.
(5)(Предишна ал. 4 - ДВ, бр. 74 от 2014 г.) Изпълнителният директор определя функциите на заместник изпълнителния директор и може със заповед да му делегира правомощия в случаите, предвидени в закон.
(6)(Предишна ал. 5 - ДВ, бр. 74 от 2014 г.) Правомощията на изпълнителния директор в негово отсъствие се осъществяват от заместник изпълнителния директор.
(7)(Предишна ал. 6 - ДВ, бр. 74 от 2014 г.) Правомощията на изпълнителния директор се осъществяват от заместник изпълнителния директор и когато длъжността е свободна до назначаването на изпълнителен директор, но за не повече от три месеца.